Un 5% de los celíacos presenta un tipo de celiaquía conocida como celiaquía refractaria. Esta es la forma más peligrosa de afección ya que las personas no responden a una dieta sin gluten. Puede requerir medicación.

Ya sea molido o en grano, solubile, en cápsula, descafeinado, natural o torrefacto, el café no tiene gluten. La FACE, Federación de Asociaciones de Celíacos de España, lo recoge entre el listado de productos y alimentos exentos de esta proteína.