Si las vellosidades intestinales se deterioran, no se absorben bien los nutrientes de los alimentos, lo que puede producir déficits de hierro, vitamina B12, vitamina D, proteínas y grasas.

Un 5% de los celíacos presenta un tipo de celiaquía conocida como celiaquía refractaria. Esta es la forma más peligrosa de afección ya que las personas no responden a una dieta sin gluten. Puede requerir medicación.